经典的SCID，Ommen综合征与自身免疫和自身炎症
经典SCID婴儿常常表现为生长发育停滞，一系列感染包括肺孢子虫感染，腺病毒引起的慢性胃肠炎，轮状病毒或系统性CMV感染，免疫检查中，它们缺乏T细胞，有时候缺B细胞或NK细胞。偶尔有T细胞存在是因为母婴传递或母源性T细胞植入。这些同种异体T细胞并非保护性的，常常引起移植物抗宿主疾病。还有，因为高排斥反应，它们可能使干细胞移植变得复杂。
Ommen综合征婴儿，可能会与经典SCID婴儿表现相似。然而，与经典SCID不同的是，Ommen综合征表现为活化的T细胞渗入特定组织引起损伤。相似的发现在SCID也可以看到，但是在Ommen综合征婴儿体内检测到的T细胞是同种异体的。从临床的角度，Ommen综合征表现为生长发育停滞，误诊为新生儿皮炎的严重红皮病，嗜酸性粒细胞增多，尽管缺乏可见的外周B细胞，却有高IgE滴度。尽管大多Ommen综合征发生于RAG缺陷，仍有报道某些病例是Artemis，DNA连接酶4，IL-2Rγ，IL-7Rα，腺苷脱氨酶，RMRP基因突变；罕见的也发生于22q11微缺失综合征。第三类病人可以表现为SCID遗漏类型，它们也有同种异体T细胞，有部分保护作用。
一种新的类型－SCID遗漏类型见于3-11岁儿童，，它们表现为反复感染。而且都有自身免疫倾向，表现为皮肤和器官肉芽肿。新的自身免疫现象比如自身免疫性血细胞减少发生在2个病人当中。第3和4组病人有次形态突变，T细胞功能部分受损。
一些部分RAG缺陷小鼠模型使人们了解CID环境下免疫紊乱。已经报道在小鼠导致Ommen综合征样表型的3种不同的RAG突变。第一种，RAG2R229Q/ R229Q基因敲除小鼠模型引起4％后代变异的Ommen综合征。减少的TCR组分导致自身反应性T细胞克隆扩增。作者假定胸腺输出减少可能导致代偿性T细胞克隆扩增，这曾经在免疫刺激后的NOD小鼠中发现，增加了IL-21表达引致自身反应性T细胞刺激自身免疫发生。此外，前B细胞发育阶段的阻断引起剧烈减少的V（D）J重排活性，且骨髓和外周B细胞减少。另外，在这个小鼠模型中Treg细胞大量减少。第二种，小鼠RAG1自发突变（RAG1R972Q）导致重组活性减少12％，还有Ommen样表型肝脾肿大和嗜酸性粒细胞增多。作者发现Th2细胞因子优势，推测过量激活的CD4＋T细胞和Vβ参与发病。第三种， RAG1S723C小鼠表现为SCID遗漏类型，与上述2种模型不同，尽管有5％RAG1S723C小鼠表现为Ommen综合征样表现。这些小鼠特点为受损的淋巴细胞发育和减少的V（D）J重排活性。有趣的是，作者发现在重排区域有异常的DNA双链缺口。这可能引起癌基因重排和不成熟T细胞淋巴瘤发育和染色体移位。此外，杂合的突变小鼠导致提前免疫衰老。Notarangelo最近发现相同的RAG1S723C小鼠模型将发生自身免疫归咎于B细胞。他们发现尽管有显著的B细胞减少的小鼠同时产生高量的自身反应性低亲和力抗体。同时能检测到高BAFF水平和受体编辑受损。他们推论是中心和外周B细胞耐受节点缺陷导致Ommen综合征和SCID遗漏类型。
RAG或Artemis缺陷病人临床表现或许可以用T、B系统失调来解释。中心耐受缺陷导致限制性T细胞受体诱发自身免疫。外周耐受缺陷数量有限的CD4＋FOXP3＋调节性T细胞支持这种免疫失调。B细胞耐受缺陷比如：受体编辑受损，导致骨髓中/外周自身反应性克隆自身免疫性未成熟B细胞存活，它们参与自身免疫发生。
